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    一般生物潔凈室和生物安全潔凈室的區別有靜壓方式、裝修材料及工藝要求和工程造價，其具體區別如下：
    1：靜壓不同：一般生物潔凈室主要控制有生命微粒（單細胞藻類、菌類、原生動物、細菌和病毒等）對工作對象的污染。同時其內部材料要能經受各種滅菌劑的侵蝕，內部一般保持正壓。
    而生物安全潔凈室室內要求靜壓比周圍環境低一定數值（負壓），其用于研究試驗設施（細菌學、生物學潔凈室）和生物工程（基因重組、疫苗制備）。因為它所研究的對象是對人體和環境有很大危害的物質（艾滋病防治的研究等），所以它只允許外圍的空氣往里滲漏，不允許室內的空氣往外滲漏。
    2：裝修材料及工藝要求：一般生物潔凈室實質上是一種結構和材料允許作為滅菌處理的工業潔凈室，可用于食品工業（防上變質、生霉）、制藥工業（高純度、無菌制劑）、醫療設施（手術室、各種制劑室、調劑室）、動物實驗設施（無菌動物詞育）和研究實驗設施（理化、潔凈實驗室）等。
    生物安全潔凈室由于消毒劑對周圍結構設備有較大的腐蝕性，裝修材料和設備要求耐腐蝕性強。生物安全潔凈室的氣密性要求比一般潔凈室高，施工難度大，安全度要求高，造價也較一般生物潔凈室高。